```{r setup, include=FALSE}
library(knitr)
## Default parameters for displaying the slides
knitr::opts_knit$set(
  echo = TRUE, 
  eval=FALSE, 
  fig.width = 7, 
  fig.height = 5, 
  fig.align = "center", 
  fig.path = "figures/",
  size = "tiny", 
  warning = FALSE, 
  results = FALSE, 
  message = FALSE, 
  # root.dir = dir.tuto,
  comment = "")
```

## Gestion des dossiers et fichiers


| Fonction | Linux | R |
|-----------------------|-----------------------|-----------------------|
| Dossier actuel (où suis-je ?) | `pwd`| `getwd()`|
| Créer un dossier | `mkdir`| `dir.create()`|
| Se déplacer vers un dossier | `cd`| `setwd()`|
| Liste des fichiers | `ls`| `list.files()`|
| Aide sur une fonction | `man`| `help()`|
| Effacer un fichier | `rm` | `file.remove()` |
| Renommer un fichier | `mv` | `file.remname()` |


### Exemples

#### Aide de la fonction "list files"
 
```{bash eval=FALSE}
man ls
```

```{r}
help(list.files)
```

 
 
#### Créer un dossier de façon récursive

```{bash eval=FALSE}
# Créer un dossier
mkdir -p ~/R_tuto/results 

# Créer un fichier test dans ce dossier
echo "Hello bash!" > ~/R_tuto/results/hello_bash.txt 

# Lister les fichiers de ce dossier
ls -l ~/R_tuto/results

# Effacer le fichier test
rm  ~/R_tuto/results/hello_bash.txt 
```

```{r}
# Créer un dossier
dir.create("~/R_tuto/results", 
           recursive=TRUE, 
           showWarnings=FALSE)

# Créer un fichier test dans ce dossier
write("Hello R!", file = "~/R_tuto/results/hello_R.txt")

# Lister les fichiers de ce dossier
list.files("~/R_tuto/results")

system("more ~/R_tuto/results/hello_R.txt")

# Effacer le fichier test
file.remove("~/R_tuto/results/hello_R.txt")
```



