R & bash bilinguism

Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB, Roscoff 2017

Gestion des dossiers et fichiers

Fonction	Linux	R
Dossier actuel (où suis-je ?)	pwd	getwd()
Créer un dossier	mkdir	dir.create()
Se déplacer vers un dossier	cd	setwd()
Liste des fichiers	ls	list.files()
Aide sur une fonction	man	help()
Effacer un fichier	rm	file.remove()
Renommer un fichier	mv	file.remname()

Exemples

Aide de la fonction “list files”

man ls

help(list.files)

Créer un dossier de façon récursive

# Créer un dossier
mkdir -p ~/R_tuto/results 

# Créer un fichier test dans ce dossier
echo "Hello bash!" > ~/R_tuto/results/hello_bash.txt 

# Lister les fichiers de ce dossier
ls -l ~/R_tuto/results

# Effacer le fichier test
rm  ~/R_tuto/results/hello_bash.txt 

# Créer un dossier
dir.create("~/R_tuto/results", 
           recursive=TRUE, 
           showWarnings=FALSE)

# Créer un fichier test dans ce dossier
write("Hello R!", file = "~/R_tuto/results/hello_R.txt")

# Lister les fichiers de ce dossier
list.files("~/R_tuto/results")

## [1] "hello_R.txt"

system("more ~/R_tuto/results/hello_R.txt")

# Effacer le fichier test
file.remove("~/R_tuto/results/hello_R.txt")

## [1] TRUE