N&C3]

Accès

Sondage pré-cours: tinyurl.com/nc3-jvh-21-sondage
Lien court : tinyurl.com/nc3-jvh-21
Site web : jvanheld.github.io/shnc-origines-sars-cov-2
Dépôt github : github.com/jvanheld/shnc-origines-sars-cov-2

Audience

Ce site contient le matériel du cours de phylogénie moléculaire, qui fait partie du module Nature et Culture 3 de la Licence Sciences et Humanités, de l’Université d’Aix-Marseille.

Contributions

Enseignants

Jacques van Helden (AMU: IFB; ORCID 0000-0002-8799-8584)
Emese Méclecz (AMU; ORCID 0000-0001-7547-4858)
Gabriel Neve (AMU; ORCID 0000-0002-0304-8937)

Outils bioinformatiques

Thomas Denecker (IFB; ORCID 0000-0003-1421-7641)
François Gerbes (IFB)

Objectifs pédagogiques

Ce cours fournit une introduction aux concepts et méthodes de base de la phylogénie moléculaire, en s’appuyant sur la question des origines biologiques du virus SARS-CoV-2, responsable de la pandémie Covid-19.

Il s’adresse aux étudiants de la 2ème licence en Sciences et Humanité de l’Université d’Aix-Marseille, qui disposent d’une formation de base en biologie.

Diapos

Sujet	Diapos
Biologie d’un coronavirus	slides/2021/01_coronavirus.pdf
Bases de données de séquences biologiques	slides/2021/02_bases-de-donnees.pdf
Mutations et variants	slides/2021/03_mutations-et-variants.pdf
Alignement d’une paire de séquences	slides/2021/04_alignement-paires-sequences.pdf
Recherche de séquences par similarité	slides/2021/05_recherche-similarites.pdf
Alignements multiples	slides/2021/06_alignements-multiples.pdf
Recombinaisons	slides/2021/07_recombinaisons.pdf
Inférence phylogénétique	slides/2021/08_inference-phylogeetnique.pdf

Diapos 2020 (pour archive)

TP

Données

Contenu	Lien
Génomes de coronavirus	data/genomes/README.md
Séquences du gène S	data/S-gene/README.md
Séquences de la protéine spicule	data/spike-protein/README.md

Ressources bioinformatiques

Bases de données

Ressource	Description	URL
Supports de ce cours	Diapos, tuto, données	jvanheld.github.io/shnc-origines-sars-cov-2/
Uniprot	Base de donnée de séquences protéiques	www.uniprot.org/
NCBI Entrez	Bases de données biologiques	www.ncbi.nlm.nih.gov/
EBI-ENA	Base de données européenne de séquences nucléiques
NCBI Genbank	Base de données américaine de séquences nucléiques
INSDC	International Nucleotide Sequence Database Consortium	https://www.insdc.org/

Outils bioinformatiques

Ressource	Description	URL
EMBOSS needle	Alignement de paires de séquences	www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/
NCBI BLAST	Recherche de séquences par similarité	blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
PIPprofileR	Profils de pourcentages de positions identiques	pipprofiler.france-bioinformatique.fr/
Clustal	Alignement multiple	www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
phylogeny.fr	Phylogénie moléculaire	https://www.phylogeny.fr/
NGphylogeny.fr	“Next Generation” phylogeny.fr	NGphylogeny.fr
AMU	page AMETICE de N&C3	ametice.univ-amu.fr/course/view.php?id=62928

Ressources spécifiques pour la COVID-19

Ressource	Description	URL
COVID19 Data Portal	Portail d’accès à différentes bases de données COVID-19	https://www.covid19dataportal.org/
GISAID
Nextclade
outbreak.info		http://outbreak.info