Cours Nature et Culture de la licence Sciences et Humanités, Aix-Marseille Université
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Ce dépôt contient le matériel du cours de phylogénie moléculaire, qui fait partie du module Nature et Culture 3 de la Licence Sciences et Humanités, de l’Université d’Aix-Marseille.
Ce cours fournit une introduction aux concepts et méthodes de base de la phylogénie moléculaire, en s’appuyant sur la question des origines biologiques du virus SARS-CoV-2, responsable de la pandémie Covid-19.
Il s’adresse aux étudiants de la 2ème licence en Sciences et Humanité de l’Université d’Aix-Marseille, qui disposent d’une formation de base en biologie.
| Date | Début-Fin | Séance | Contenu |
|---|---|---|---|
| 03/11 | 10:00-12:00 | CM1 [diapos 1] [Vidéo 1a] [Vidéo 1b] |
(1) La question des origines de SARS-CoV-2. (2) Biologie de SARS-CoV-2. (3) Evénements évolutifs. (4) Bases de données biologiques. (5) Alignement de séquences par paires. (6) Profils de pourcents de positions identiques. (7) Recherche de séquences par similarité. |
| 10/11 | 08:30-11:30 | TP1 groupe 1 | (1) Bases de données de séquences biologiques (Uniprot, NCBI). (2) Alignement par paires (needle). (3) Recherche de similarités (BLAST). |
| 11:30-12:30 | Déjeuner | ||
| 12:30-15:30 | TP1 groupe 2 | cf groupe 1 | |
| 15:30-15:45 | Pause | ||
| 15:45-18:00 | CM2 [diapos 2] [Vidéo 2] |
(1) Alignements multiples. (2) Inférence phylogénétique |
|
| 17/11 | 08:30-11:30 | TP2 groupe 1 | (1) Alignements 1 à N et profils de PPI (PIPprofileR) (2) Alignements multiples (clustal). (3) Inférence phylogénétique (phylogeny.fr) |
| 11:30-12:30 | Déjeuner | ||
| 12:30-15:30 | TP2 groupe 2 | cf groupe 1 | |
| 15:30-16:00 | Pause | ||
| 16:00-17:00 | CM3 | Interprétation, résumé et conclusion du cours |
| Ressource | Description | URL |
|---|---|---|
| Supports de ce cours | Diapos, tuto, données | jvanheld.github.io/shnc-origines-sars-cov-2/ |
| Uniprot | Base de donnée de séquences protéiques | www.uniprot.org/ |
| NCBI Entrez | Bases de données biologiques | www.ncbi.nlm.nih.gov/ |
| EMBOSS needle | Alignement de paires de séquences | www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/ |
| NCBI BLAST | Recherche de séquences par similarité | blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi |
| PIPprofileR | Profils de pourcentages de positions identiques | pipprofiler.france-bioinformatique.fr/ |
| Clustal | Alignement multiple | www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ |
| phylogeny.fr | Phylogénie moléculaire | https://www.phylogeny.fr/ |
| NGphylogeny.fr | “Next Generation” phylogeny.fr | NGphylogeny.fr |
| AMU | page AMETICE de N&C3 | ametice.univ-amu.fr/course/view.php?id=62928 |
| Contenu | Lien |
|---|---|
| Génomes de coronavirus | data/genomes/README.md |
| Séquences du gène S | data/S-gene/README.md |
| Séquences de la protéine spicule | data/spike-protein/README.md |