shnc-origines-sars-cov-2

Cours Nature et Culture de la licence Sciences et Humanités, Aix-Marseille Université

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Enquête bioinformatique sur les origines de SARS-CoV-2 [AMU / S&H / N&C3]

Audience

Ce dépôt contient le matériel du cours de phylogénie moléculaire, qui fait partie du module Nature et Culture 3 de la Licence Sciences et Humanités, de l’Université d’Aix-Marseille.

Contributions

Enseignants

Outils bioinformatiques

Objectifs pédagogiques

Ce cours fournit une introduction aux concepts et méthodes de base de la phylogénie moléculaire, en s’appuyant sur la question des origines biologiques du virus SARS-CoV-2, responsable de la pandémie Covid-19.

Il s’adresse aux étudiants de la 2ème licence en Sciences et Humanité de l’Université d’Aix-Marseille, qui disposent d’une formation de base en biologie.


Programme du cours 2020

Date Début-Fin Séance Contenu
03/11 10:00-12:00 CM1
[diapos 1]
[Vidéo 1a]
[Vidéo 1b]
(1) La question des origines de SARS-CoV-2.
(2) Biologie de SARS-CoV-2.
(3) Evénements évolutifs.
(4) Bases de données biologiques.
(5) Alignement de séquences par paires.
(6) Profils de pourcents de positions identiques.
(7) Recherche de séquences par similarité.
10/11 08:30-11:30 TP1 groupe 1 (1) Bases de données de séquences biologiques (Uniprot, NCBI).
(2) Alignement par paires (needle).
(3) Recherche de similarités (BLAST).
  11:30-12:30 Déjeuner  
  12:30-15:30 TP1 groupe 2 cf groupe 1
  15:30-15:45 Pause  
  15:45-18:00 CM2
[diapos 2]
[Vidéo 2]
(1) Alignements multiples.
(2) Inférence phylogénétique
17/11 08:30-11:30 TP2 groupe 1 (1) Alignements 1 à N et profils de PPI (PIPprofileR)
(2) Alignements multiples (clustal).
(3) Inférence phylogénétique (phylogeny.fr)
  11:30-12:30 Déjeuner  
  12:30-15:30 TP2 groupe 2 cf groupe 1
  15:30-16:00 Pause  
  16:00-17:00 CM3 Interprétation, résumé et conclusion du cours

Diapos

Ressources bioinformatiques

Ressource Description URL
Supports de ce cours Diapos, tuto, données jvanheld.github.io/shnc-origines-sars-cov-2/
Uniprot Base de donnée de séquences protéiques www.uniprot.org/
NCBI Entrez Bases de données biologiques www.ncbi.nlm.nih.gov/
EMBOSS needle Alignement de paires de séquences www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/
NCBI BLAST Recherche de séquences par similarité blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
PIPprofileR Profils de pourcentages de positions identiques pipprofiler.france-bioinformatique.fr/
Clustal Alignement multiple www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
phylogeny.fr Phylogénie moléculaire https://www.phylogeny.fr/
NGphylogeny.fr “Next Generation” phylogeny.fr NGphylogeny.fr
AMU page AMETICE de N&C3 ametice.univ-amu.fr/course/view.php?id=62928

Données

Contenu Lien
Génomes de coronavirus data/genomes/README.md
Séquences du gène S data/S-gene/README.md
Séquences de la protéine spicule data/spike-protein/README.md